Moi j’utilise RStudio 
(existe sous Windows, Ubuntu, Mac).
Pas vraiment au fait de toutes les possibilités modernes mais c’est le plus adapté à R et ses packages notamment pour debugger Shiny (serveur Web pour R), et tout les packages R pour afficher les graphiques et tableaux résultants des traitements de données.
Ça ne marche pas trop mal aussi avec Python.