Yo,
Ton voyage est cool, cet été je me suis fait presque 2 semaines la premiere fois puis, 3 mois au Japon (2 a tokyo et alentour, mais c’était pour bosser) et 3 semaines, pour faire de nagasaki > tokyo.
Je vais te dire quand même les trucs que je changerai.
Faut que tu prennes ton JR passe de 3 semaines ! c’est super important, j ai pas fait le compte de tes trajets, après ca vaut ptet pas le coup mais ca m’étonnerai !
Ca permet aussi de pas se prendre la tête, et de se permettre de changer les plans au dernier moment, ca m’arrivait d’aller à la gare de décider au dernier moment en regardant le guide du routard ou aller,
En parlant de ca, ne prend pas de guide du routard qui est pas top pour tokyo et archi pouri pour le reste du japon, le lonelyplanet est un peu mieux ! Discute aussi avec les touristes dans le train, c’est la que tu choppes les bon plans !
Sinon pour dormir, t’as toujours des bonne auberges/ ryokan (plus cher) un peu partout, et si t’es dans la merde, pense au Love Hotel, qui sont souvent pas trop cher pour la nuit pour un couple 
Pour ton parcours: 2 nuit a Nikko c’est trop je pense, un jour pour Nikko c’est bien, après le lac Chuzenji et les cascades c’est jolie mais c est super mort en avril, après si tu veux faire une nuit la haut pour te reposer c’est bien. le coucher de soleil sur la lac est magnifique 
Chuzenji Lake par avavrin, sur Flickr
3 jours à Kyoto, c est pas mal, mais moi j’en avais mare de la visite de temple intensive, je pense que tu peux faire les jolies trucs en 2 jours, je pense que ca sert à rien de voir 30 temples, vaut mieux en voir moins mais les plus beau! Après 3 jours c’est bien aussi, mais tu peux caler facilement Nara en une aprem de Kyoto ! Sinon le parc des singes en liberté à Kyoto est vraiment superbe !
Et bois un verre de Umeshu pour moi a Kyoto 
Osaka j’ai pas fait, mais par contre j’ai passé une nuit a Kobe pour me faire le fameux bœuf et je pense que ca fait bien bien le coup !
Hiroshima, j’ai juste fait le musée et je me suis barré ! Ca me disait rien, et il t’en mette plein la tete avec le bombe, c’est moins intéressant que celui de Nagasaki, ou c’est plus le coté historique (après c’est mon avis)
Miyajima, par contre ca faut vraiment vraiment bien le coup ! C est un des trucs que j’ai le plus aimé (avec le mont Aso, que tu as enlevé
)
Les alpes Jap, en deux jour t’as le temps de faire des trucs, et si tu passes une nuit là bas, demande moi, je connais une adresse de fou, ou tu seras trop trop bien avec ta copine ! (à Takayama je crois)
Et tu peux aussi y manger du boeuf de Hida, qui est aussi bon que le boeuf de Kobe !
Par contre faut que tu te renseignes, le chateau Himeji, c’est super bien SI il est plus en travaux, sinon n’y va pas ! C’est con que t’aille pas à Kyushu, car celui de Kumamoto est pas mal ! (car il est pas en travaux)
Après je connais pas le reste,
Sinon à Tokyo, tu peux faire le musée Ghibli, en réservant sur place, te fais pas arnaquer en les prenant en France (tu vas dans un Lawson, tu dis « Gui Beu Li » Musem et t’essaie de capter !) c’est 1000 Yen
Pour Tokyo Les trucs vraiment jolies que j’ai aimé et fait plusieurs fois:
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Se perdre le soir pour manger et picoler dans les petites rues de Nakano,
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Voir un couché de soleil sur le toit de la tour Mori, avec le musée qui est super beau, (j’y ai vu Fuji San)
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Visiter Le musée NTT Inter Communication Center (ICC), vers Shinjuku, gratuit et tu vois des trucs de fou dedant
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Faire comme Bill et Scarlett, en amoureux, au haut du Park Hyatt Hotel, c’est un peu cher si tu veux regarder le groupe de Jazz, mais si t’as aimé le film c’est trop bien ! (et c’est juste à coté du ICC)
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Faut que tu regardes la fête des cerises aussi, il y a une fête, entre autre dans le parc Ueno, avec des petites lanternes qui s’allument la nuit, c’est immanquable !
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Aller sur l’ile artificielle de Daiba, (de nuit) par le monorail (arret ODaiba) pour la statue de la liberté et la vue du pont ! Je crois que le Onsen est super bien ! Et tu as un vue de fou sur la baie de Tokyo, Tu peux prendre la grande roue sinon, pour avoir un vue de tout Tokyo !
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Asakusa c’est sympa aussi, c’est con que tu bouffes pas de sushi, car je connais des supers adresses ! (j’habitai là bas)
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Harajuku le dimanche matin, c’est là que tu vois tout les cosplay (et il y a un temple superbe à coté)
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Ensuite Kamakura c’est pas mal, le Daibutsu est jolie, mais tu vas en voir un plus joli, à Nara !
En passant à Yokohama, tu peux de faire le terminal des bateaux, niveau architecture c’est fou !
Tu peux te faire aussi le plus haut Daibutsu debout dans le nord de Tokyo (120 metres !) http://en.wikipedia.org/wiki/Ushiku_Daibutsu ca fait un peu loin par contre, enfin pour un voyage de 3 semaines !
Akihabara c est marrant, mais pas une journée, vas boire un coup dans maid café par contre, ca te montrera que les japonnais sont fous, les sex shop aussi sont rigolos tu vois des trucs dingues !
Faut pas trop organiser les choses et voir un peu venir les choses, enfin je fonctionne comme ca en voyage, mais je suis seul aussi c’est pas pareil !
Si t’as des questions n’hésite pas ! C’est encore tout frais dans ma tête !