Pour les alpes, il y a plusieurs lieux tout à fait accessible en transports publiques. Mais à voir si c’est déjà ouvert.
Typiquement la Tateyama Alpine Road ouvre au mieux mi-avril.
C’est faisable en 1 jour depuis Tokyo mais ça fait vraiment une longue journée majoritairement dans les transports.
A voir ce que ça donne depuis Kyoto. Je n’ai pas essayé.
C’est mieux de prévoir au moins 2 jours par exemple en visitant Jigokudani (le parc dans lequel il y a des singes se baignant dans des onsen) sur le trajet aller. Passer la nuit à Toyama qui est plus ou moins le point de départ de la Tateyama Alpine road et le lendemain faire trajet de retour Toyama → Tokyo par la route à travers les alpes et ses nombreux types de transports (train, funiculaire, télécabine, trolleybus, bus).
A Toyama même, je ne me rappelle pas avoir fait grand chose, mais il y a 2-3 trucs aux environs.
Ou alors de passer un peu de temps à Kanazawa qui est plus sympa à visiter je pense. Avec un beau château, quelques parcs et des ruelles encore typique de l’ère Edo. Et ensuite faire la traversée des Alpes.
Dans la région, Shirakawa-go est aussi un grand classique souvent accompagné d’un passage par Takayama.
Plus ou moins sur la route entre Kyoto et Toyama, je m’étais aussi arrété à Gujo-Hachiman pour aller voir la fabrique de nourriture factice. Très sympa mais ils étaient un peu surpris de voir des étrangers à l’époque
Pour le reste des Alpes je ne connais pas trop. A part un peu de ski du côté de Nozawa Onsen, je n’ai pas beaucoup visité la région.
Enfin, pour Hakone, je ne l’ai fait à chaque fois qu’en tour d’un jour depuis Tokyo, mais il semble intéressant de profiter de passer la nuit dans un des ryokan du coin et de profiter des nombreux onsen.
Une des zones un peu originale sur le chemin et celle d’Owakudani qui est une vallée volcanique encore un peu active. Du coup attention, c’est parfois fermé s’il y a trop de gaz.
Pour visiter la région, le Hakone Free Pass peut être intéressant.
A part ça niveau verdure, si tu vises les alpes, tu seras potentiellement encore bien sous la neige par endroit 
Et pour les fleurs, j’ai fait ces quelques parcs là qui sont vraiment très beau (mais potentiellement blindé de monde) pour peu que tu y soit au bon moment, soit en général tout début mai : Ashikaga Flower Park, Hitashi Seaside Park, Fuji Shibazakura Festival
) et le hakone free pass, avec le ‹ petit › tour en bateau et le ‹ survol › de la vallée volcanique en télécabine.
